Batang tumbuhan ini berwarna hijau, beruas-ruas, berlubang di tengahnya, berperan sebagai organ fotosintetik menggantikan daun. Batangnya dapat bercabang.

Cabang duduk mengitari batang utama. Batang ini banyak mengandung silika . Ada kelompok yang batangnya bercabang-cabang dalam posisi berkarang dan ada yang bercabang tunggal. Daun pada semua anggota tumbuhan ini tidak berkembang baik, hanya menyerupai sisik yang duduk berkarang menutupi ruas. Spora tersimpan pada struktur berbentuk gada yang disebut strobilus (jamak strobili ) yang terletak pada ujung batang ( apical ).

Paku ekor kuda menyukai tanah yang basah, baik berpasir maupun berlempung, beberapa bahkan tumbuh di air (batang yang berongga membantu adaptasi pada lingkungan ini).